دانشمندان اسلام و مفسران بزرگ قرآن راه‌هاي متفاوتي در حل تعارض علم و دين طي كرده‌اند، امّا مباني معرفت‌شناختي آن را هنوز منقح نكرده‌اند. اين نكته همواره در ذهن آنان در جولان بوده كه علم (حقيقي) هيچ‌گاه با دين تعارض نخواهد داشت. ولي هيچ‌گاه دقيقاً روشن نساخته‌اند كه در موارد بروز تعارض چه راهي را بايد دقيقاً طي كرد. رشيد رضا در تفسير المنار اين نكته را مطرح مي‌كند كه برخي از دشمنان اسلام گمان كرده‌اند كه علوم و فنون عصري ـ از قبيل علوم طبيعي، فلكي، تاريخي ـ موضوع برخي از آيات را نقض كرده است و در پاسخ آنها مي‌گويد: 

اننا قد اطلعنا علي اقوالهم في ذلك فألفينا ان بعضها جاء من سوء فهمهم او فهم بعضي المفسرين، و من جمود الفقهاء المقلدين، و بعضها من التحريف و التضليل و قد رددنا نحن و غيرنا ما وقفنا عليه منها. (رشيد رضا، بي‌تا: 9 ـ 208) 

رشيد رضا گرچه اين قبيل موارد را ناشي از سوءفهم يا جمود فكري مقلّدين و يا تحريف مي‌داند، ولي مكانيسم معرفت‌شناختي و يا مباني فكري براي حلّ تعارض‌هاي مطرح شده را بيان نمي‌دارد. همچنين، نامبرده مانند بسياري از مفسران يكي از وجوه اعجاز قرآن را در اين حقيقت مي‌داند كه اين كتاب آسماني بسياري از حقايق علمي را پيش از كشف آنها بيان كرده است. مثلاً آية شريفة "و ارسلنا الرياح لواقح" به اين حقيقت علمي اشاره دارد كه برخي از ابرها باردارند و در آن باردار بودن ابرها به تلقيح حيوانات تشبيه شده است. اين حقيقت را دانشمندان قرن‌ها بعد كشف كرده‌اند. 

بسياري از متفكران بر اين نكته تأكيد كرده‌اند ميان علم حقيقي و دين تعارضي در كار نيست. اين سخن گرچه راست است، ولي در مسئله تعارض علم و دين سودي نمي‌بخشد؛ چرا كه اين پرسش مطرح مي‌شود كه علم حقيقي چيست؟ آيا جز اين است كه قوانين حقيقي عالم كه از خطا مصون‌اند علم حقيقي شمرده مي‌شوند. سخن در مسئله مورد نظر هيچ‌گاه از علم حقيقي نيست، بلكه سخن از اين است كه پاره‌اي از نظريه‌هاي موفق در تاريخ علم ظهور كرده‌‌اند كه به ظاهر با نصوص ديني ناسازگارند. اين نظريه‌ها مشكلات علمي مختلفي را حل كرده‌اند و قدرت پيش‌بيني و حلّ مسئله دارند. اكنون دربارة اين نظريه‌ها و ناسازگاري آنها با پاره‌اي از موارد چه بايد گفت؟ آيا نصوص ديني را بايد به‌ نحوي ديگر فهميد يا بايد آن نظريه‌ها را نادرست دانست؟ يا نه، راه حل ديگري در كلمه است؟ بنابراين، همين علمي كه بشر بدان دست يافته و توفيقاتي را كه به كمك آن به‌دست آورده مورد بحث است. آيا اين علم واقع‌نما نيست؟ اگر واقع‌نما است و درنتيجه علم حقيقي است، پس چگونه با نصوص ديني ناسازگار مي‌افتد؟ و اگر واقع‌نما نيست چگونه توفيقاتي را نصيب بشر ساخته و توانسته مسايلي را حل كند و پيش‌بيني‌هايي را امكان‌پذير سازد؟ خلاصه آنكه، رفتن به سراغ علم حقيقي در برابر علم فعلي مشكلي را حل نمي‌كند. مشكل اصلي به علم نوين و رايج و تعيين نسبت آن با دين مربوط مي‌شود. اين راه حل، درحقيقت، به جاي حل مسئله صورت مسئله را پاك مي‌كند. 

گاهي هم برخي اين ادعا را مطرح كرده‌اند كه تمام علوم جديد را مي‌توان از آيات قرآن و روايات استخراج كرد. بنابراين، علوم جديد كاملاً با اسلام توافق دارند. طرفداران اين نظر مي‌كوشند هر يافتة جديد علمي را از آيات استنباط كنند. برخي از آنها گفته‌اند كه در قرآن 61 آيه در علم رياضي و 64 آيه در علم فيزيك و 5 آيه در فيزيك هسته‌اي و 63 آيه دربارة نظريه نسبيت و 20 آيه در علم زمين‌شناسي و غيره آمده است. (صادق العظم، 1997: 35) بدون ترديد، ممكن است ما در پاره‌اي موارد موّيدات و سازگاري‌هايي ميان برخي از آيات و يافته‌هاي علمي جديد بيابيم، امّا نظريه استخراج علوم جديد از قرآن و سنت با مشكلاتي روبرو مي‌شد. اوّلاً، تنها سخني كه در اين‌باره مي‌توان گفت، اين است كه ما فقط در پاره‌اي موارد تناسب و يا تأييدي ميان دستاوردها و نظريه‌هاي علمي جديد و نصوص ديني را مي‌يابيم، امّا هيچ‌گاه چنين توانايي را نداريم كه همة حقايق علمي را از نصوص ديني بيرون بكشيم. بر فرض هم چنين چيزي ممكن باشد، ما آدميان غيرمعصوم چنين توانايي نداريم. ثانياً، سخن بر سر اين است كه برخي نظريه‌هاي علمي با ظاهر نصوص متعارض‌اند در اين موارد چه بايد گفت؟ اين موارد نه‌تنها از نصوص ديني به دست نمي‌آيد بلكه با آنها ناسازگارند. 

راه‌حل ديگري را هم برخي از روشنفكران عرب مطرح كرده‌اند. آنها ميان بُعد زماني دين و بُعد ازلي و يا روحي آن فرق گذشته‌اند و گفته‌اند، كه هرچه در نصوص ديني دربارة طبيعت و تاريخ و غيره آمده است در ذيل بُعد زماني دين مي‌گنجد و مي‌توان همة آنها را به علم سپرد، امّا بُعد ازلي يا روحي دين ربطي به علم ندارد. بُعد ازلي مجال و قلمرو حقايق ازلي و امور غيبي و ايمان و تجربة عرفاني است. طرفداران اين نظر مي‌گويند كه روش علمي و نيز معرفت علمي از محدودة طبيعت تجاوز نمي‌كنند و از اين‌رو، ممكن نيست در دين كه با ايمان مربوط است نه علم، از آنها بحث شود. به عبارت ديگر، آنها قايل‌اند كه معرفت ديني با معرفت علمي از لحاظ نوع اختلاف دارند و درنتيجه، هرگاه مي‌خواهيم معرفت علمي را بر دين تطبيق كنيم با تعارض‌هايي روبه‌رو مي‌شويم. معرفت ديني از تجربه عرفاني ناشي مي‌شود و با معرفت علمي كه از تجربه و مشاهده علمي به دست مي‌آيد متفاوت است. معرفت علمي دو نوع معرفت‌اند كه از مجاري متفاوتي به‌دست مي‌آيند. گفته‌اند: اين ديدگاه را نخستين بار علي عبدالرزاق در كتاب "الاسلام و اصول الحكم" مطرح كرده است. (همان: 47) 

تفكيك بعد زماني دين از بُعد ازلي و روحي آن نيز راه حلّ قانع‌كننده‌اي نيست. در نصوص ديني مي‌بينيم كه دربارة عالم طبيعت و تاريخ نيز مطالبي آمده است. آيا اين مطالب نادرست‌اند؟ اگر نادرست‌اند چگونه در سخنان خدا يا پيامبر(ص) مثلاً راه يافته‌اند؟ تفكيك مذكور به اين ادعا مي‌انجامد كه گزاره‌هايي از دين راجع به امور مذكور را بايد نادرست دانست و مسئله را صرفاً به علوم تجربي و غيره احاله داد. درحقيقت، راه‌حل مذكور وجود تعارض را مي‌پذيرد و عملاً گزاره‌هاي مورد نظر از دين را حذف مي‌كنند. از اين گذشته، گوهر دين را نمي‌توان تجربه عرفاني دانست؛ دين را نمي‌توان صرفاً در حالات و تجارب عرفاني خاصي خلاصه كرد. به‌نظر مي‌رسد كه طرفداران اين نظر نه تصوير درستي از علم و معرفت علمي دارند و نه دقيقاً به سرشت دين و معرفت ديني پي برده‌اند. 

برخي ديگر در حل تعارض گفته‌اند كه در مواردي از قبيل تعارض مسئله خلقت با داروينيسم و غيره، امري قطعي با نظريه‌اي ظني تعارض دارد.